Использование струн из другой компании даст другой тон. Возможно ли получить плохой набор строк? Да, но по моему опыту это довольно редко. У меня был один плохой сет за последние 10 лет, который включает около 100 строковых изменений. Возможно ли, что при смене струн какой-то элемент настройки вашей гитары был изменен? Да, но, опять же, это было бы крайне необычно.
Мой опыт подсказывает мне, что наиболее вероятной причиной проблемы интонации является то, что вы, возможно, неправильно натянули струны, когда меняли их. Без этого потребуется немало времени, чтобы привести себя в состояние, в котором они будут правильно поддерживать свою высоту.
Если вы не знакомы с тем, как растягивать строки после изменения, вот видео, которое поможет (инструкция начинается в 0:50 видео):