Я согласен с тем, что новые строки будут звучать для вас иначе, пока вы к ним не привыкнете. Это одна из забавных вещей об этой зависимости, которую мы разделяем, видеть, что работает, а что нет.
Но это не должно влиять на интонацию. Единственный способ, которым я могу видеть это, - это когда новые струны имеют намного более низкое натяжение, и вы применяете то же давление, что и со старым сетом. Если вы это сделаете, вы, вероятно, потянете за ниточку немного, непреднамеренный изгиб строки, если хотите.
Я сомневаюсь, что это так, я просто думаю вслух.
Удачи и дайте нам знать, как все это работает.